Trước đó, ông Sỹ cũng đã bị TAND TPHCM tuyên 3 năm tù về hành vi “Lợi dụng chức vụ khi thi hành công vụ”. Theo cáo trạng của Viện KSND tối cao, tháng 5/2001, PCI trúng thầu gói thầu tư vấn thiết kế Đại lộ Đông Tây. Ngay sau đó, đại diện của PCI là ông Sakashita đã đặt vấn đề thuê lại một phần ngôi nhà số 3 Nguyễn Thị Diệu (là trụ sở của PMU Đông Tây) để làm văn phòng.

Với cương vị lãnh đạo của PMU Đông Tây, hai bị can Huỳnh Ngọc Sĩ và Lê Quả đã “tự quyết” vấn đề này. Đến tháng 8/2001, đại diện PMU Đông Tây là ông Lê Quả và đại diện PCI là ông Sakashita đã ký kết hợp đồng với điều khoản thuê trụ sở là 2.500 USD/tháng. Từ tháng 8/2001 đến tháng 11/2002, PCI đã chi trả tiền thuê nhà 80.000 USD (tương đương 1,2 tỷ đồng). Số tiền này ông Sỹ và ông Quả tự ý quản lý và chia nhau tiêu xài.

Sau đó, ông Sỹ có kháng cáo xin được hưởng án treo, Viện KSND TP Hồ Chí Minh có kháng nghị tăng nặng hình phạt đối với ông Sỹ và ông Quả. Ngày 27/3, tòa án phúc thẩm TAND Tối cao tuyên phạt Huỳnh Ngọc Sỹ 6 năm tù, Lê Quả 5 năm tù về tội “lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.